管理者用コントロールパネルのFTPユーザーの作成時にパスの設定を行うと、ログイン時にそのディレクトリに接続します。
その場合、そこから上位の階層にアクセスすることはできません。

上位階層も含めた全てのディレクトリをアクセスするには、FTPユーザーを作成する際に、[参照先ディレクトリ]の項目を空欄にする必要があります。